Các điểm sửa đổi, bổ sung được tóm tắt theo 4 nội dung sau:
Thứ nhất về Phạm vi áp dụng: Nghị định 39 bổ sung hành vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán bao gồm cả các hành vi vi phạm quy định về báo cáo quyết toán và các vi phạm trong việc tổ chức bồi dưỡng và cấp chứng chỉ bồi dưỡng kế toán trưởng.
Thứ hai về sửa đổi các mức xử phạt đối với các hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán lên đến 30 triệu đồng thay vì mức cao nhất là 20 triệu đồng theo Nghị định 185. Các mức xử phạt sửa đổi cao hơn mức trước đây đối với từng loại hành vi vi phạm quy định về chứng từ kế toán, sổ kế toán, tài khoản kế toán, báo cáo tài chính, công khai báo cáo tài chính và hành nghề kế toán. Ví dụ: Đối với hành vi lập chứng từ kế toán không đủ số liên theo quy định của mỗi loại chứng từ kế toán; lập hóa đơn bán hàng nhưng không giao hóa đơn bán hàng cho khách hàng theo quy bị phạt tiền từ 2-10 triệu đồng thay vì từ 1-5 triệu đồng như trước đây. Hành vi bán hàng không lập hóa đơn bán hàng theo quy định bị phạt tiền từ 20-30 triệu đồng thay vì từ 5-20 triệu đồng như trước đây. Với hành vi giả mạo, khai man chứng từ kế toán, mức phạt tiền từ 10-30 triệu đồng thay vì mức phạt từ 5-20 triệu đồng. Mức phạt từ 15-30 triệu đồng được áp dụng đối với hành vi giả mạo sổ kế toán, cố ý để ngoài tài sản của đơn vị hoặc tài sản có liên quan đến đơn vị. Mức phạt từ 20-30 triệu đồng cũng được áp dụng đối với các hành vi vi phạm quy định về hành nghề kế toán…
Thứ ba, bổ sung mức xử phạt cho một số hành vi vi phạm trước đây chưa quy định như: Phạt tiền từ 5-15 triệu đối với hành vi sổ kế toán không có đầy đủ chữ ký và đóng dấu theo quy định sau khi in sổ; Không lập báo cáo tài chính bị phạt tiền từ 5-15 triệu đồng; Nộp báo cáo tài chính cho cơ quan nhà nước có thẩm quyền không đính kèm báo cáo kiểm toán đối với các trường hợp mà pháp luật quy định phải kiểm toán bị phạt tiền từ 15-30 triệu đồng; Vi phạm trong việc tổ chức bồi dưỡng và cấp chứng chỉ bồi dưỡng kế toán trưởng bị phạt tiền từ 5-30 triệu đồng.
Thứ tư về thẩm quyền xử phạt: Thanh tra viên Tài chính các cấp đang thi hành công vụ có quyền phạt tiền đến 500 nghìn đồng; Chánh thanh tra Sở Tài chính, Chánh thanh tra Bộ Tài chính có quyền phạt tiền đến 30 triệu đồng; Chủ tịch UBND cấp huyện, tỉnh cũng có quyền phạt tiền đến 30 triệu đồng thay vì mức 20 triệu đồng như trước đây.
Ngoài ra Nghị định 39 cũng còn một số điểm mới như: Bổ sung hình thức xử phạt bổ sung là “không công nhận báo cáo tài chính” đối với hành vi giả mạo báo cáo tài chính, khai man báo cáo tài chính; Ban hành mẫu biên bản vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán, mẫu quyết định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán;
